D'un point de vue thématique, l`objet de la réflexion concerne la gestion de ces établissements. Celle-ci touche très directement le patrimoine, les moyens financiers et les ressources humaines. Elle peut inclure aussi tout ou partie d'autres aspects du fonctionnement des établissements, tels que la valorisation des résultats, la communication interne et externe, les relations internationales et enfin l'évaluation, des personnels ou des équipes.Deux convictions sous-tendent le rapport : la nécessité des réformes, qui touchent aussi bien les structures que la culture de chaque établissement ; et une profonde confiance dans le potentiel des EPST.Les auteurs proposent un état des lieux qui souligne le discours général des chercheurs, (« Petit à petit, on nous fait faire un métier qui n`est pas le nôtre »), une analyse qui fait ressortir des logiques de différenciation, un bilan axé sur trois types de problèmes (inadéquation limitée de la réglementation publique, lourdeurs propres à chaque établissement, absence de coopération), des propositions dont les mots clés sont mutualisation, déconcentration, renouvellement, priorité aux laboratoires, nouvelle façon de travailler. Ils fournissent enfin un plan d`action.
